1.進步財務性資金的運用效益。經過專項審計，可以發現和指出資金運用損失浪費的問題，提出高新專項審計建議，促進被專項審計單位加強管理，進步財務性資金的運用效益。

2.經過高新專項審計，全面了解行政事業單位的財務收支規模、來源途徑和運用對象，發現行政事業單位財務財務收支活動中存在的違法違紀問題，避免國有資產丟失。

3.為國家微觀調控服務。這一作用主要體現在兩個方面：首先，確保國家微觀調控政策的落實。行政事業單位屬于上層建筑范疇，行政機關負有國民經濟的行政管理職能，事業單位的事務活動對開展科技、文教等事業，促進國民經濟的協調開展具有重要意義。第二，為國家制定微觀政策供給依據。經過專項審計，可以掌握行政事業單位財務財務收支活動真實情況，發現微觀經濟管理中帶有普遍性的問題，為國家有關部門制定政策供給可靠的信息。

4.促進廉政建設。目前，干部隊伍的糜爛已經成為我國經濟和政治生活中亟待解決的問題，經過高新專項審計，可以發現和揭露以權謀私、貪污糜爛等問題，嚴肅財經法紀，促進黨風廉政建設。