通常高新專項審計的費用，大體分為兩個部分組成，基礎收費和追加收費。基礎收費通常收取企業送審總價格的0.1%-0.3%左右，追加收費通常定為代理機構安排審減金額的4--9%左右。在國家條例中規定，審計收費需要由申報企業支付。如今高新專項審計代理的收費，國家不做硬性的規定，只做指導價，具體價格可以協商。

　　不過如今在聘請審計安排時或許簽訂建筑合同時，會同時約好核減份額逾越必定份額后，逾越部分份額部分敷衍的審計費由施工單位支付。目的時為了防止施工單位與審計單位聯合做弊。對于企業來說，高新專項審計能夠幫助企業計算、審閱、整理對應的材料，能夠節省企業的人力資源，并且提高申報的成功率。

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